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10x Genomics

2018-05-31 09:48http://www.sobio.cn生物会展网

  10x Genomics公司推出了GemCode平台,通过条形码信息将Illumina短序列再次连接,获得更有研究价值的长片段信息。10X Genomics公司的linked reads技术主要是利用液滴的方法,通过微流体平台,将带有条形码、索引分子、引物等的凝胶珠与单细胞混合,在每个液滴内开展单个细胞的逆转录反应,以产生测序所用的带有barcode信息的cDNA,进而构建标准文库、上机测序、生信分析。
 

10x Genomics

  10x Genomics技术优势

  1. 微量样本:10x Genomics仅需1ng 基因组DNA 即可进行长片段建库;

  2. 精确分区:由于拥有众多的barcode和Partions,可对DNA进行精确分区;

  3. 长片段信息:10x Genomics技术可与Illumina测序仪进行无缝对接,利用短Reads可获得长达100Kb的片段;

 

  4. 基因组组装质量提升:利用长片段信息结合Illumina组装数据组装的ScaffoldN50长度比单纯用Illumina方法提高十几倍。

  10x Genomics技术流程

  1.将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系,每个微反应体系含有一种特定的DNA序列标记。

  2.含有barcode信息的凝胶珠子首先与样品和酶的混合物混合,10x Genomics然后与位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂溶液结合。

 

  3.GEMs (包含样品、酶、凝胶珠子的混合物油滴)流到储液器中并进行收集。凝胶珠子溶解释放barcode序列,开始对样本进行标记。10x Genomics将每个液滴中含有barcode信息的产物混合。然后构建标准测序文库。

10x Genomics

  10x Genomics应用方向:

  1.基因组测序:可提供超长片段的全基因组信息,进行突变检出、单倍体分型和基因组结构鉴定。10x Genomics能够揭示遗传性疾病关键的变异,并发现与癌症相关的关键改变。

  2.靶向测序:可提供长片段基因信息进行单倍体分型、结构变异检测和拷贝数测定。可得到短读长测序无法获得的基因组复杂区域和重复区域信息。

  3.单细胞测序:10x Genomics利用Chromium Single Cell 3, ,在细胞水平进行高通量数字化基因表达谱分析,可对复杂细胞群进行深入分析。追踪单个细胞的表达谱,避免单个细胞的生物学相关信号被大量细胞的平均化测定掩盖。

  4.从头组装:10x Genomics利用Supernova™ Assembler系统可发现真实的基因组信息,并且成本低,质量高。不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,研究二倍体基因组结构。

 
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